Шестун обвиняется в особо крупном мошенничестве (ч. 4 ст. 159), легализации преступных денег (ч. 4 ст. 174.1) и незаконном предпринимательстве (ст. 289), взятке (ч. 6 ст. 290).

В 2018 году Шестуна задержали, а Генпрокуратура объявила, что нашла у него многомиллиардное имущество. У Шестуна нашли 676 объектов недвижимости в Серпуховском районе, включая 565 участков, оформленных на подконтрольных ему 40 юрлиц и их номинальных директоров, а также две базы отдыха стоимостью 274 млн рублей и 22 автомобиля стоимостью до 27 млн рублей, сообщал представитель ведомства Александр Куренной на интернет-портале ведомства «Эфир». Обнаруженное имущество Шестуна общей стоимостью в 10 млрд рублей «не соответствует никоим образом его официальным доходам», отметил представитель ведомства.

По версии Генпрокуратуры, Шестун разработал целую коррупционную схему. В период с 2013 по 2017 год бывший глава Серпуховского района вывел из госсобственности высоколиквидный земельный и лесной фонд, после чего его легализовал, продал и перепродал через подставных лиц. По версии следствия, с 2008 по 2014 год он передал четыре земельных участка ООО «Центр» и причинил таким образом ущерб бюджету муниципалитета на сумму более 62 млн рублей.

Шестун вину не признавал и говорил, что дело было сфабриковано, чтобы не допустить его до выборов главы района в сентябре 2018 года. Как говорил Шестун в письме на имя президента, на него оказывают давление начальник управления администрации президента по внутренней политике Андрей Ярин, начальник управления «К» ФСБ генерал Иван Ткачев и глава администрации губернатора Московской области Михаил Кузнецов.

В обращении Шестун привел фрагменты аудиозаписи разговора, который, по его словам, произошел в 2017 году в здании администрации президента на Старой площади. На записи слышно, как несколько голосов (по словам Шестуна, это Ярин, Ткачев и Кузнецов) предлагают ему написать заявление об отставке с открытой датой. Шестун от предложения отказывается. После разговора человек, названный Шестуном генералом Ткачевым, обещает, что главу района «катком переедут» (подробнее здесь).

Шестун находится под стражей с середины июня 2018 года. В СИЗО бывший глава подмосковного района несколько раз объявлял голодовки.